纵观全国上下的中央空调管理，发现管理很好的极少，都不同程度地存在这样或那样的问题，现就主要问题阐述如下：
一、由于设计部门设计的不合理引发的问题
很多单位的中央空调在运行中会出现各种问题，分析起来，相当一部分是由于设计部门设计不合理，甚至设计错误导致的。常见的不合理设计问题有以下几点：
1.为了防垢，在水处理系统中设计了磁水器
磁水器的种类和名目繁多，有的称为电子除垢仪、高频水改仪等等，总之都是使水分子得到磁化（极化），而极化的水分子具有极强的电负性，吸引钙、镁离子，从而延缓结垢时间，达到防垢的目的。具有极强的电负性的水分子也能剥蚀水垢和锈垢。因此有的厂家讲产品具有防垢、防腐、除垢、除锈的作用。的确，磁水器具有一定的上述这些正面作用。但是，如果对磁水器的安装数量及安装位置设计的不合理时，它会对水系统产生严重腐蚀，它的这种负面作用远远大于正面作用。对空调设备及水系统造成严重的危害。
例如：深圳国贸大厦（50层高）的全进口中央空调，设计部门在水系统中设计并安装了约十多台磁水器，其中仅冷冻水系统就安装了十台磁水器，运行中没有再采取其它水处理方法。设备仅运行了一年半就产生了严重腐蚀。化验水样，水中铜离子高达50几毫克／升，铁高达200多毫克／升。
为解决腐蚀问题，当从冷冻水系统的循环水泵入水口侧面取样时，发现成团成团的红色铁锈随水涌出，在200ml锥形瓶底约有8mm厚的成絮状的铁锈，可见水系统的锈蚀是相当严重的。抬头发现10几台磁水器都在工作，立即将冷冻水系统的磁水器全部关掉，冷却水系统也只能保留一台工作（后来将全部磁水器都关掉了）。这就是系统发生严重腐蚀的腐蚀源，推荐采用系列水处理药剂进行防垢防腐。从1999年底至今该大厦中央空调采用了系列水处理药剂，加强了运行管理。投药后，设备既不长垢，又不长锈。检测水样：铜含量＜0.02mg／L（检测不出），铁含量＜0.5mg／L。
凌度总工李工建议大家在中央空调系统不要安装磁水器，应把磁水器装在茶炉和浴炉上。
2.应在冷却水系统中安装立式除污器
目前全国各地的冷水机组中央空调所安装的除污器都是倒Y字型的，装在空调机组入口前的立管上，这种倒Y字型在立管上的除污器，只能捕捉设备运行初期的建筑垃圾，防止这些垃圾进入冷凝器。但是，这种倒Y字型的除污器不能在日常运行中捕捉细小水垢和锈垢，因此会引起冷凝器积垢，积泥和其它杂质。
正确的作法是在冷凝器的入水口前，安装一台立式除污器（同热水锅炉系统中的除污器），将冷却水系统中的各种杂质截留在除污器中。